N'importe quel soldat peut prendre la place du commandant, mais il ne peut y en avoir qu'un seul à la fois. On accède au statut de commandant en entrant dans la console de commandement (CC). À noter que si le commandant n'est pas apprécié, il peut se faire "éjecter" à tout moment grâce à un vote. Une fois dans la console, le commandant est invulnérable... jusqu'à ce que la console soit détruite auquel cas il est automatiquement éjecté.

Il joue en vue de dessus (vue RTS), il peut sélectionner les soldats pour leur affecter des ordres d'un simple clic droit sur un endroit précis de la carte (aller ici, construire cet équipement, protéger cet équipement, etc.). Il doit aussi leur venir en aide en leur apportant un soutien continu (principalement munitions et santés). Il est responsable des évolutions (qui sont disponibles dans les bâtiments prévus à cet effet) comme une armure plus solide, une puissance de feu plus importante, un détecteur de mouvements, de nouvelles armes, etc. Le rôle du Commandant est très fortement déconseillé aux débutants de par sa complexité et la rapidité d'action, ainsi que la connaissance du jeu qu'il demande.

Un mauvais commandant entrainera irrémédiablement une défaite de l'équipe.